De profondes modifications ont marqué la structure de cette église dont la partie romane (la base inférieure de la tour) se situe vers 1100. Cette dernière, intégrée dans le collatéral sud, jouxte le flanc méridional du chœur; la majeure partie de la tour fut rebâtie en 1606, selon une date commémorative, et en 1668 ou …

La paroisse de Warquignies devient autonome de celle de Wasmes en 1803. Succédant à une chapelle, l’actuelle église a été construite à la fin du XIXe siècle et a fait l’objet d’une importante restauration récente.

Bâtie en 1955 d’après les plans de l’architecte A. Bressers, de Gand, l’ég1ise inspirée d’une tradition néo-gothique, est construite en briques. Elle comprend une sacristie, un chœur surmonté d’une tour lanterne, trois nefs, un transept et un avant-corps occidental surmonté de la tour prolongée par un clocher.